לגבי מי שנוהג כרבינו תם בין לקולא בין לחומרא נמצא שלפי מנהגו יש לומר תחנון גם אחר שקיעה של הגאונים, שהרי אפי’ בבין השמשות דעת המשנ”ב לומר תחנון, ואפי’ למנהגינו שחוששים לסכנה לומר תחנון בבין השמשות אבל מי שנוהג אפי’ באיסור סקילה כרבינו תם פשיטא שלענין תחנון יכול לומר תחנון בזמן זה, וחמירא סכנתא מאיסורא נאמר רק לענין ספקות יעוי’ ברמ”א יו”ד סי’ קטז (וע”ע בספ”ק דעירובין).
אולם אם הש”ץ מנהגו כרבינו תם והציבור נוהגים כמנהג הגאונים (דהיינו כפי השקיעה המצויה) הרי שיש לנהוג כמנהג הציבור ולא לומר תחנון, שהרי אין מנהגינו לומר תחנון ביחיד כלל, ובפרט לפי מה שהורו פוסקי זמנינו שאשכנזי שמתפלל אצל ספרדים שלא יעשה נפילת אפים שהרי הדבר ניכר, וכ”ש אם ש”ץ זה נוהג שלא לומר תחנון כלל במנחה (כפי המקרה בשאלה שלך).
לכאו’ לא מצינו בזמננו בא”י מי שינהג כר”ת לקולא בדאורייתא.
יש קהילות שנוהגים לגבי הדלקת הנר כרבינו תם גם בא”י ומ”מ בניד”ד א”צ שינהוג כר”ת דוקא בדאורייתא ולרווחא דמילתא אמינא לה.